彭玉麟收到回信，知道事情再扩大可能导致他与曾国藩决裂，心中十分痛苦。他敬重曾国藩，视其为恩师，但也坚持自己的原则，不能容忍曾国荃的恶行。经过深思熟虑，他决定不再对此事发表意见，但心中的正义之火从未熄灭 。彭玉麟三次弹劾曾国荃的事迹轰动一时，人们对他的刚正不阿和坚持原则敬佩不已，也对他与曾国藩之间的矛盾感到惋惜。但彭玉麟始终认为，为官者当以公事为重，私交再好也不能影响公务，他的这种精神成为后人敬仰的榜样 。
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彭玉麟在晚清官场得罪众多权贵，却能平步青云，最终官至兵部尚书，背后有着诸多关键原因。
咸丰三年（1853年），彭玉麟响应曾国藩号召，投身湘军，全力投入水师组建。当时水师建设面临资金短缺、技术落后、人才匮乏等重重困难，但他毫不退缩，亲自参与战船设计制造，四处奔走筹集资金，广纳贤才，精心制定水师规章制度。湘潭之战中，面对密密麻麻、连樯十里的太平军船只，彭玉麟身先士卒，站在船头与战友制定战术，将湘军水师分成三队联合攻击。战斗打响，他手持利刃，带领士兵冲向敌船展开近身搏斗，喊杀声、兵器碰撞声交织，鲜血染红江水。他的勇猛激励着湘军将士，经过苦战，湘军成功击败太平军，取得湘潭之战胜利，彭玉麟也在军中声名鹊起 。
咸丰四年（1854年）六月攻岳州，彭玉麟采用诱敌之计，派遣小船引诱太平军，待其船队争相而出，预先埋伏在君山和雷公湖的军队迅速出击，两翼包抄，击毁太平军船只一百余艘。战斗中他手臂被流矢射中，简单包扎后继续投入战斗，极大鼓舞了湘军士气 。之后进攻擂鼓台，面对太平军十倍于己的船只数量，彭玉麟和杨岳斌分别率领水师深入敌船阵，巧妙穿梭，扰乱太平军阵型，最终成功攻破擂鼓台，他的勇猛和谋略深受将士推崇 。
总兵陈辉龙率新军出战，因地形不熟船只搁浅被太平军攻陷，陈辉龙等人先后受伤落水身亡，形势危急。彭玉麟和杨载福临危不乱，迅速组织力量击退敌军，避免了更大损失，经此一役，湘军水师更加倚重彭玉麟和杨岳斌 。八月进屯沌口攻取武昌，彭玉麟亲自驾驶战船冲在最前面，带领湘军放火烧毁太平军营寨堡垒和船只，成功收复武昌、汉阳，论功被提升为同知 。
半壁山、田家镇之战，太平军防御工事固若金汤。彭玉麟与杨岳斌制定大胆周密计划，将湘军水师分成四队，头队砍断江中铁锁，二队掩护，三队火烧太平军船队，四队守护水师老营。12月2日，铁匠出身的孙昌凯带领头队轻舟出发，彭玉麟叮嘱不要发炮、不要仰视，直接到达铁缆之下。头队官兵依计而行，在二队炮火掩护下成功凿出缺口，彭玉麟、杨岳斌亲率二、三队水师上下夹攻，与太平军鏖战一整天，太平军战船大多被烧毁，被迫东撤。彭玉麟凭借卓越指挥才能和顽强战斗精神，带领湘军取得关键胜利，声名远扬，成为湘军水师核心人物 。
湘军继续前进至湖口附近，遭遇石达开率领的援军，湘军水师受挫，曾国藩坐船被太平军俘获，彭玉麟随外江水师残部返回武汉 。4月太平军三占武汉，彭玉麟重新招募士兵造船，建立新军，与杨岳斌分别统领。与胡林翼约定攻打汉口，在鲇鱼套打败太平军，后又进攻塘角，焚烧敌船二百多，因功被授予浙江金华知府 。7月移军屯口途中，彭玉麟坐船桅杆被太平军炮火击中，船在江上打转，危急时刻跃入部将成发翔的舳板才得以得救，他的豁达沉稳让将士们更加钦佩 。8月协同胡林翼陆师企图夺回汉口，久攻不下，彭玉麟激励部众，亲自率师奋击，冲入太平军船队，从襄河口砍断铁锁浮桥，毁坏北岸火药库，进入襄河，乘夜扑汉阳，擒获太平军首领，虽最终被迫撤出战斗，但他的英勇表现和出色指挥得到胡林翼赞赏，胡林翼上疏陈述其“忠勇冠军”，朝廷嘉奖他“以道员记名” 。
曾国藩在江西水军受挫，多次召彭玉麟协助。彭玉麟告假回长沙后急忙赶回，袁、瑞两郡被太平军攻陷，水陆路断绝，他伪装成游学乞食者徒步行走数百里到达南昌，重新整理内湖水师为十营，船600艘，投入战斗准备 。咸丰六年（1856年），彭玉麟被擢升为广东惠潮嘉道，在樟树镇与太平军激战，凭借出色指挥和湘军将士英勇奋战打败太平军，此后又连续在临江吴城、涂家埠战胜太平军，攻克南康，军事才能进一步提升 。
咸丰七年（1857年）2月末，曾国藩父亲病逝回籍奔丧，水师以杨载福为总统，彭玉麟为协理，兼领内湖水师。九月初，湘军再围九江，太平军在湖口列战船数百，以铁索拦江，石钟山架起大炮，对岸梅家洲筑坚城。湘军采用先扫清外围据点的战法，分水陆三路会攻湖口，彭玉麟指挥内湖水师出湖助战 。战斗打响，他率军队鼓棹划行急赴，与外长江水师会合，陆军响应，太平军大乱，彭玉麟乘胜夺取小孤山，因战功加升按察使衔，为后续战斗打开局面 。
咸丰八年（1858年），彭玉麟、杨岳斌率湘军水师接连拔除枞阳、大通、铜陵、峡口的太平军据点，包围九江。彭玉麟精心策划，指挥水师对九江形成严密包围圈，不断调整战术，削弱太平军防御力量，最终成功收复九江，因功晋升布政使衔 。咸丰十年（1860年），彭玉麟移营与杨岳斌合并一处军队，后攻克都昌。次年，曾国荃围攻安庆，太平军陈玉成率领三万兵支援，扎营在菱角湖。彭玉麟创建飞虎营，结合陆军大战，损毁敌军营垒，攻克安庆，被授予广东按察使 。后又与陆军协同作战，攻克孝感、天门、应城、黄州、德安，因战功被提升为安徽巡抚，但他多次上疏推辞，认为自己不通政法，朝廷下诏嘉奖他的坦诚，改职水师提督 。
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同治元年（1862年），彭玉麟被授为兵部右侍郎，奉诏节制镇将。他担心自己与杨岳斌威望相当，地位超越会产生间隙，于是苦心调和。还另外建立太湖水师十营，归自己统辖。彭玉麟调动水师援助曾国荃由安庆攻打江宁，湘军一路势如破竹，克铜城闸，收复巢县、含山、和州，打败雍家镇、裕溪口的太平军，抢夺东西梁山，进军攻打采石，又攻克金柱关 。
每次作战，彭玉麟都身先士卒，乘小船督战，手持红旗，或前或后地指挥着将士们。将士们见主帅亲临前线，个个不敢懈怠，拼尽全力作战。有时他还潜入陆军作战区域调查情况，往来飘忽不定，所经之处军民都不敢为非作歹。
同治二年（1863年），彭玉麟与杨岳斌联合攻打九洑洲。太平军在此地筑垒几十座，外筑大城，战船环绕，与江宁成犄角之势，拦江矶、草鞋峡等地都有重兵驻扎，防御十分严密。彭玉麟列船上游，南队向下关，北队向草鞋峡，杨岳斌攻燕子矶，陆军也分三队挖掘洲埂进攻中关，舢板环洲布阵 。
面对太平军猛烈的枪炮还击，湘军一时难以攻下。彭玉麟没有气馁，他督率各路军队轮番夜间进攻。他深知九洑洲战略意义重大，一旦攻克，太平军便会陷入被动。于是，他挑选敢死队，激励他们从火丛中上岸。敢死队员们在彭玉麟的鼓舞下，舍生忘死，终于突破了太平军的防线。诸军欢呼雀跃，乘胜追击，太平军争相溃散逃跑。这场战斗从田家镇以来最为激烈，彭玉麟的顽强战斗意志和卓越指挥才能展露无遗，为湘军的胜利起到了决定性作用 。
此后，太平军由江西进犯池州，企图阻挠湘军。彭玉麟回救青阳，解了围，又进军高淳，攻克东坝。因攻克九洑洲，彭玉麟被赐给黄马褂。恰逢杨岳斌赴江西督师，从此彭玉麟专门统领水军 。
同治三年（1864年），清军攻克天京，太平天国运动宣告失败。朝廷论功行赏，以彭玉麟创建水师为首功，加官太子少保，赐封一等轻车都尉世职。彭玉麟凭借多年在战场上的卓越表现和对湘军水师的杰出贡献，成为清朝的重要功臣，他的名字被铭刻在历史长河之中 。
在湘军水师中，彭玉麟不仅是一位杰出将领，更是一种精神象征。他作战勇猛无畏，冲锋在前，鼓舞着士兵们的士气；指挥如臂使指，能根据战场形势迅速做出决策，带领军队取得胜利；治军公正无私，对违反军纪的行为严惩不贷，使得湘军水师纪律严明。士兵们对他既敬且畏，各级将领也将他视为主心骨，对他的命令坚决执行。这种威望成为彭玉麟在官场的重要倚仗，那些想要对付他的人，忌惮他在军队中的影响力，不敢轻易动手 。